El Consell de Seguretat Nuclear és una entitat que forma part del sector públic administratiu estatal en els termes que estableixen els articles 2.1.g) i 3.1.b), de la Llei 47/2003, de 26 de novembre, general pressupostària i està sotmès al règim de comptabilitat que preveu el Pla general de comptabilitat pública i a la Instrucció de comptabilitat per a l'Administració institucional de l'Estat.

El Títol V de l'Estatut del Consell de Seguretat Nuclear regula el règim patrimonial, pressupostari, de control de la gestió economicofinancera i comptable.

El Consell de Seguretat Nuclear té patrimoni propi, independent del patrimoni de l'Administració general de l'Estat, integrat pel conjunt de béns i drets dels quals és titular i que s'enumeren a continuació:

 a) Els béns i drets que constitueixen el seu patrimoni i els productes i rendes d’aquests.

 b) Els ingressos que provinguin de les taxes i preus públics que regula la Llei 14/1999, de 4 de maig.

 c) Les assignacions que s'estableixin anualment amb càrrec als pressupostos generals de l'Estat.

 d) Qualssevol altres que li puguin ser atribuïts legalment.

El CSN disposa de recursos econòmics propis procedents de les taxes que l'organisme obté pels serveis que presta.

La gestió i la recaptació de les taxes, preus públics i qualssevol altres recursos públics la gestió tributària dels quals estigui atribuïda al Consell de Seguretat Nuclear, corresponen a aquest organisme, que pot utilitzar per a l'efectivitat d’aquests el procediment administratiu de constrenyiment.

El Consell de Seguretat Nuclear té concertat un conveni amb l'Agència Estatal de l'Administració Tributària per gestionar la recaptació en via executiva.

El Consell de Seguretat Nuclear elabora anualment l'avantprojecte de pressupost amb subjecció al que disposa la Llei general pressupostària, que envia, a través del Ministeri d'Indústria Energia i Turisme, al Ministeri d'Hisenda i Administracions Públiques, per a la seva elevació al Govern i posterior tramesa a les Corts Generals, integrat en els pressupostos generals de l'Estat.

La comptabilitat de l'organisme es regeix per la Llei general pressupostària i es desplega de conformitat amb els principis i les normes que conté el Pla general de comptabilitat pública. La comptabilitat reflecteix la imatge fidel del patrimoni, de la situació financera, dels resultats i de l'execució del pressupost i proporciona informació dels costos sobre la seva activitat que sigui suficient per a una adopció de decisions correcta i eficient.

El control d'aquesta activitat economicofinancera el duen a terme la Intervenció General de l'Administració de l'Estat (IGAE) i el Tribunal de Comptes.